Hệ thống Aquarium của Bảo tàng Hải dương học do Viện Hải dương học quản lý điều hành và tổ chức hoạt động. Hệ thống có diện tích 5.000 m2, bao gồm tổ hợp bể nuôi sinh vật biển với hơn 300 loài (các loại Rùa biển, cá Mập, cá Đuối, cá Chình, cá Mú, san hô sống với các loại cá cảnh biển, tôm Hùm, …).
Để phục vụ nghiên cứu, tham quan cũng như giáo dục cộng đồng, Viện Hải dương học đã bố trí một khu vực mang tên “Tài nguyên biển đảo Hoàng Sa – Trường Sa”.
